Merník leží v doline potoka Čičavka ústiaceho do Tople. Zvlnený povrch odlesneného chotára s miernymi svahmi spadá do orografického celku Beskydské predhorie. Ploché chrbty vytvárajú súvrstvia centrálnokarpatského flyšu, v južnej časti sa nachádzajú mladotreťohorné uloženiny – zlepence, ryolitné tufy a tufity s ložiskami ortuti, ktorá sa tu v minulosti ťažila. Na svahoch je súvislý pokry svahových a sprašových hlín.

Pre pôdne pomery širšieho okolia je charakteristický prevládajúci výskyt kambizemí (hnedých pôd) prirodzene sa viažucich na flyšové horniny, ktoré tu prevažujú. Najväčšie zastúpenie na pôdnom fonde majú kambizeme pseudoglejné. K menej zastúpeným pôdam patria černice, ktorých výskyt tvorí len 2 %.
 

Rastlinstvo

Mierne svahy a nízke nadmorské výšky väčšiny územia dovolili už v minulosti premeniť dostupné časti poľnohospodárskej kultúry. V okolí sú vo väčšej miere zastúpené sekundárne borovicovo-brezové lesy, ružovo-trnkové kríky, na suchých skeletovitých podkladoch lieskové porasty a na menších lokalitách sa roztrúsene nachádza borievka. Časté sú slatinné porasty, kde obyčajne prevládajú rôzne druhy ostríc, páperník širokolistý, viaceré druhy sitín, metlica trsnatá a iné. Zrašelinené plochy sú veľmi vzácne. Podstatná časť celej oblasti bola už v minulosti premenená na poľnohospodársku pôdu a stále je intenzívne využívaná. Obec ako ľudské sídlo má svoju charakteristickú vegetáciu. Je to zeleň a v podobe úžitkových a okrasných rastlín. Prirodzené izotopy sa v intraviláne prakticky nevyskytujú, všetko je ovplyvnené ľudskou činnosťou. Tento nevyhnutný proces zmien v prírode prebieha súčasne s procesom civilizačným. Vznikli tak rastlinné spoločenstvá, ktoré sa v pôvodnej prírode nevyskytovali – synantropné. V obci sa nachádza pestrá vegetácia tohto typu. Pozorovať sa dá zlatobyľ obrovská, ktorej domovom je Severná Amerika, netýkavka žľaznatá a netýkavka malokvetá ázijského pôvodu.

Z hľadiska potenciálne prirodzenej vegetácie patrí toto územie do oblasti dubovo-hrabových lesov, do oblasti kvetnatých bučín, malé plochy do oblasti dubových lesov. Údolie riečky patrí k jelšovým a vŕbovo-topoľovým lesom. V krovinatej etáži sú zastúpené plamienok plotný, baza čierna, krušina jelšová, chmeľ obyčajný a iné. V bylinnom poraste sú zastúpené hlavne nitrofilné druhy.

Veľmi zaujímavú a svojráznu flóru má hlavne oblasť bradlového pásma. V obci je kvetnaté spoločenstvo tráv ako mrvica pérovitá, ostrica nízka, kostrava žliabkovitá, fúzatka prsnatá, ostrica sedmohradská a iné. Charakteristické sú mnohé druhy vstavačovitých, ktoré na týchto stanovištiach dnes nachádzajú posledné príležitosti na ďalšie pretváranie. Skutočnou botanickou ozdobou je črievičník papučkový, naša najväčšia a najkrajšia orchidea, ktorého je tu pomerne hojná populácia.
 

Živočíšstvo

Chotár obce je prevažne odlesnený, premenený na poľnohospodársku krajinu, pasienky s krovinami a len v severovýchodnej časti sú menšie lesné porasty. Z toho vyplýva aj druhové zloženie živočíchov, charakteristické pre kultúrnu step.

Zo zákonom chránených bezstavovocov tu žije mravec lesný, bystruška kožovitá, bystruška fialová, bystruška hladká a vidlochvost ovocný. Z obojživelníkov je najbežnejšia kuňka obyčajná žijúca v rôznych mlákach, zriedkavejšia je ropucha obyčajná, ropucha zelená, rosnička zelená a skokan hnedý. V trávnatých porastoch sa bežne vyskytuje jašterica obyčajná, zriedkavejšie slepúch lámavý, v blízkosti vody môžeme stretnúť užovku obyčajnú.

Vtáky tvoria najlepšie preskúmanú skupinu živočíchov. Príbytky ľudí využíva na hniezdenie lastovička obyčajná, belorítka obyčajná, trasochvost biely, vrabec poľný, vrabec domový a žltochvost domový. V záhradách sa k nim pridáva hrdlička záhradná, krutohlav obyčajný, ďateľ veľký, straka obyčajná, sýkorka veľká, drozd plavý, červienka obyčajná, penica popolavá, muchár sivý, škorec obyčajný, kanárik poľný, pinka obyčajná...
 

Nerastné suroviny

Obec Merník bola významným ložiskom ortuti, ťaženým až do roku 1939. Objektom ťažby bola rumelka. Ložiska sa nachádzajú asi 6 km severne od Vranova nad Topľou. Má žilníkový až impegnačný charakter. Vyskytuje sa v konglomarátoch v susedstve obsidiánovej žily. Okrem prevládajúcej rumelky sa tu vyskytoval aj čierny metacinnabarit, pyrit aj markazit.

Nerudná zložka bola zložená z chalcedónu, kremeňa, kalcitu a organických látok (asfalt). Dnes je už ložisko vyťažené. Podobné zrudnenia avšak v menšom rozsahu sa zistili a v minulosti ťažili v Červenici pri Prešove, v oblasti Majerovského potoka východne od Merníka, na sever od Vihorlatu, kde sa rumelka koncentruje v pieskovcoch bystrickej série magurského flyša pri obciach Ladomirov a Michajlov. Zrudnenie rumelky, pyritu, markazitu, realgáru a auripigmentu bolo objavené aj neďaleko Dubníka v Ošvárskej.

Z iných nerastných surovín boli a sú v obci zastúpené: asfalt – v menšej miere zastúpený na ložisku, dolomit, chalcedón, kalcit, kremeň, - nerudné zložky žiloviny, metacinnabarit – čierny, práškovitý, pyrit – v menšej miere, impregnácie v hornine, rumelka – hlavná rudná zložka, impregnácie v hornine, dnes prakticky vyťažená.

Životné prostredie

Priemysel, energetika, doprava a ťažba nerastných surovín, majú okrem hospodárskeho významu značne negatívny vplyv na krajinno-prírodné prostredie v katastrálnom území obce a jej blízkom okolí. Obec leží v území, ktoré sa vyznačuje väčšou alebo menšou variabilitou prírodných a antropogénnych javov, čo závisí od jeho geologických a iných pomerov. Charakterizuje ho značná pestrosť prírodných hodnôt, ale aj rôznorodé spôsoby jeho hospodárskeho využitia.
 

Klimatické pomery

Celá oblasť leží v miernom pásme. Podnebie oblasti je vnútrozemské, ovplyvňované nadmorskou výškou. Priemerná ročná teplota sa pohybuje od 7-9°C. Najteplejšie mesiace sú júl a august (23-25°C).

Množstvo zrážok charakterizuje oblasť ako mierne vlhkú a teplejšiu (priemerne 700-800 mm). Najviac zrážok spadne v lete v mesiacoch jún, júl a na jeseň v októbri a v novembri.

V zimnom období v horských kotlinách sú časté tepelné inverzie – na dne kotliny tuhé mrazy, na svahoch pohorí teplo. Maximálna snehová pokrývka v severnej časti je 80 cm, na ostatnom území 20-40 cm.

Veterný systém sa len málo odlišuje od ostatného územia Slovenska. Prevládajú tu vetry severných a južných smerov.
 

Hydrologické pomery

Územie patrí dvom povodiam: Tople na západe a Ondavy na východe. Priamo obcou preteká rieka Čičavka, ktorá spolu s cestou III. triedy tvoria hlavnú urbanizačnú os obce. Rieka predstavuje riziko z hľadiska možných záplav, hlavne v čase prívalových dažďov v letnom období a v čase topenia snehovej prikrývky v jarných mesiacoch. Už aj v minulosti vodný tok spôsobil významné škody na majetku.