Prvá písomná správa o Merníku z roku 1363 sa viaže k rozdeľovacej listine majetkov panstva Čičava, ktoré vlastnila rodina Rozgoniovcov. Na základe zemepisnej polohy, názvu dediny a obsahu správy z roku 1363 však možno predpokladať, že osadu založili slovenskí poddaní už pred 14. storočím. Merník bol v rokoch 1363 – 1523 majetkovou súčasťou panstva Vranov, patriaceho Rozgoniovcom, šľachticom z Rozhanoviec. Po vymretí rodu Rozgoniovcov patrila obec od roku 1524 Bátoriovcom. Podľa urbára z roku 1585 žili v Merníku sedliaci, želiari, jeden rybár a dve šoltýske domácnosti. Na prelome 17. a  18. storočia obec bola stredne veľkou dedinou s obyvateľstvom prevažne evanjelického vierovyznania. V roku 1715 žilo v obci 21 poddanských domácností, z toho 16 sedliackych a 5 želiarskych. V porovnaní s okolitými obcami patril Merník spolu s Banským, Sačurovom, Soľou v tomto čase k najväčším a najľudnatejším dedinám stredného Zemplína.

Koncom prvej tretiny 19. storočia zasiahli Zemplín a viaceré východoslovenské stolice mimoriadne tragické udalosti. V roku 1830 zasiahla cárske Rusko epidémia ázijskej cholery, ktorá sa nezadržateľne šírila ďalej do Európy. Napriek opatreniam cholera zasiahla aj obec Merník. Stúpajúci počet chorých, proticholerové opatrenia, chudoba, nevzdelanosť najnižších poddanských vrstiev a celý rad iných okolností prispelo k udalostiam, ktoré vyvrcholili v roľníckom povstaní. Začiatok povstania bol motivovaný skôr kriminálnym činom. 6. augusta 1831 v skorých ranných hodinách napadli vzburenci z Jastrabia, Vyšného Žipova a z Merníka kaštieľ a dobýjali sa dnu. V kaštieli našlo smrť z rúk vzbúrencov mnoho osôb. 30. augusta došlo k potrestaniu účastníkov povstania. Len vo vranovsko-zámutovskej oblasti bolo na smrť obesením odsúdených 41 povstalcov a celkove v Zemplínskej stolici 65. buričov popravovali na viacerých miestach. Téma východoslovenského roľníckeho povstania sa stala motívom pre literárne spracovanie u viacerých autorov. Merník je najviac opisovaný v novele Jonáša Záborského Hlovík medzi vzbúreným ľudom, v ktorej autor popisuje aj udalosti v Merníku, kde v čase roľníckeho povstania bol na návšteve Ján Hlovík, evanjelický farár. Po tragických udalostiach roľníckeho povstania sa situácia postupne stabilizovala a život miestneho obyvateľstva sa vrátil do normálnych koľají.

Ešte pred vypuknutím revolúcie v európskych štátoch v rokoch 1847 - 1848 zasiahla územie Slovenska neúroda, spôsobená najprv povodňami a potom suchom. Krajinu zasiahol veľký hladomor. V poslednej štvrtine 19. storočia bol Merník súčasťou okresu Vranov. Medzi jeho posledných vlastníkov patril gróf Calergi Coudenhove. V okolí obce vzhľadom na ložiská rumelky, dôležitej pri výrobe ortuti, prebiehala sporadicky ťažba tejto rudy. Väčšina obyvateľstva obce sa venovala poľnohospodárstvu. Tunajší roľníci na konci 19. storočia nedisponovali veľkým množstvom pôdy, čo bolo aj jedným zo stimulov vysťahovalectva, hlavne do Ameriky. Medzi významné momenty prevej tretiny 20. storočia patrili udalosti prvej svetovej vojny. Vojna zasiahla do života obyvateľov Merníka. Tunajší muži v roku 1914 museli rukovať do rakúsko-uhorskej armády. Na miestnom cintoríne sa nachádza pomník s menami tých, čo padli v spomínanej vojne. V roku 1917 prišli do Merníka zástupcovia armády rekvirovať kostolné zvony. Z veže evanjelického a. v. kostola sňali oba zvony a chceli zobrať aj dva zvony umiestnené vo zvonici na lokalite „Starý cintir“ v intraviláne obce. Na naliehanie miestnych obyvateľov však zo zvonice zhabali iba jeden zvon a druhý zostal.

V priebehu druhej svetovej vojny zažila obec viacero významných návštev, ku ktorým patril aj krátky pobyt ministra vnútra Slovenského štátu Alexandra Macha začiatkom 40. rokov. Zaujímal sa o život a činnosti obyvateľov miestnej nemeckej osady, ktorú poznačili udalosti vojny. Tŕňom v okou partizánov bola nemecká osada nad Merníkom a Michalkom, ktorá sa stala viackrát cieľom ich najpriateľskejších návštev. V novembri 1944 prišli do Merníka nemeckí vojaci, ktorí tu začali kopať obranné zákopy a na ich budovanie využívali aj miestnych obyvateľov. V Merníku sa 17. januára chystalo nemecké vojsko na ústup, pričom zaberalo miestnym roľníkom povozy a kone, ale aj potravinové zásoby. Nemecké velenie sídlilo v obci v dome nazývanom „kaštiľ“, ktorý dal už dávno postaviť istý bohatý gazda Mati, v ktorom už pred 2. sv. vojnou bývala rodina Hajníkových. Počas druhej svetovej vojny nebola obec veľmi zničená. Obišlo ju rozsiahlejšie letecké či delostrelecké bombardovanie a zasiahlo ju iba niekoľko náhodných striel, pričom v jeseni 1944 zahynul jeden z evakuantov, prechodne bývajúcich v obci. Po oslobodení obce 18. januára 1945 sa sformoval Miestny národný výbor, ktorého predsedom sa stal Jozef Madura – Krajnik. Medzi prvé úlohy úradu patrilo odstránenie následkov vojny a povojnová obnova roľníckych usadlostí a samotnej obce.

V rodinnom dome Balberčákových bol v roku 1947 otvorený obchod znovu založeného Potravného družstva. Po udalostiach tzv. Víťazného februára roku 1948 bola v obci 18. marca ustanovená Dočasná miestna a správna komisia na čele s predsedom Andrejom Kozákom. Od toho času sa v obci začalo s výstavbou základov socializmu. Keďže väčšina tunajšieho obyvateľstva sa venovala poľnohospodárstvu a vlastnila aj určité množstvo pôdy, začiatkom 50. rokov začala v obci agitácia za vstup do JRD. Družstvo, resp. jeho prípravný výbor vzniklo v roku 1950. Nemalo však v Merníku veľkú podporu, a tak po krátkom spoločnom hospodárení zaniklo. V prvých rokoch po vojne začala v obci nová výstavba. Medzi prvé verejnosti a obci prospešné akcie patrila regulácia potoka Čičavka. Už v roku 1952 sa začalo v rámci štátnej investičnej akcie s reguláciou potoka, ktorá bola urobená iba na pol kilometrovom úseku. V rokoch 1955 – 1957 boli vykonané odvodňovacie práce na lúkách pri potoku, spojené s prečisťovaním koryta Čičavky, aby sa predišlo povodniam, ktoré predtým často ohrozovali obec. Spomínané práce neboli ukončené. V jari v roku 1957 sa začalo s výstavbou národnej školy. Po roku 1962 bola vybudovaná pevná miestna komunikácia popri potoku a do roku 1984 sa v obci vystavalo 4,5 km bezprašných ciest. Stavba mostíkov a dvoch veľkých mostov sa uskutočnila v 60. – 80. rokoch 20. st. Osvetové a kultúrne podujatia v obci sa konali prevažne v budove národnej školy, prípadne v krčme, kde sa aj premietali filmy. Po roku 1960 už slúžil pre kultúrne potreby Dom osvety. V roku 1970 bola ukončená výstavba požiarnej zbrojnice. V odpoludňajších hodinách 12. júla 1973 bola silná prietrž mračien a vodná hladina potoka Čičavky pod prívalom dažďových vôd prudko stúpla, vyliala sa z koryta a zaplavila značnú časť obce. Vyvracala ploty, zaplavovala pivnice a zatopila rodinné domy, budovu MNV a školskú novostavbu. Úplne bol zničený dom Michala Rozkoša a Juraja Trinásteho. Škody napáchané povodňou sa odhadli na dva milióny korún. Ďalšia povodeň postihla obec ešte v roku 1978, ale už v menšom rozsahu. Pravdepodobne aj tieto udalosti boli podnetom k ďalšej regulácii potoka Čičavka, ktorá sa začala v roku 1977 a jej posledná etapa bola ukončená v roku 1980. V 80. rokoch bolo kameňmi vydláždené potočné koryto. Rozvoju miestnej cestnej komunikácie pomohlo rozšírenie mosta na križovatke ciest v obci a vybudovanie cestnej autobusovej otočky v smere na Michalok. Život obce a aj činnosť JRD na viacerých úsekoch boli vzájomne prepojené. Ako príklad možno uviesť, že v čase zberania úrody sa tejto činnosti venovali okrem družstevníkov aj ďalší obyvatelia obce, v rámci brigád a iných výpomocí. Na druhej strane zase JRD poskytovalo finančnú a technickú pomoc obci, napr. pri výstavbe kultúrneho domu, pri stavbe družstevnej bytovky. Začiatkom 80. rokov bol vo funkcii predsedu MNV už niekoľko rokov Ján Sciranka, ktorý túto funkciu vykonával najdlhšie v povojnovej histórií obce. 14. mája 1986 v spolupráci s miestnym JRD bola zahájená rekonštrukcia kultúrneho domu. Rozšírili sa kapacity a pristavala sa kotolňa. Stavba bola ukončená v roku 1989. V kultúrnej a športovej oblasti sa v roku 1985 uskutočnil 1. ročník Behu oslobodenia. Svoju históriu však toto podujatie písalo iba do roku 1988.

Koncom 80. rokov sa v Československu uskutočnila tzv. Zamatová revolúcia, ktorá naštartovala demokratizačný proces a nasledujúce zmeny, ktoré nastali po novembri 1989. Rodili sa nové politické hnutia na čele s organizáciou, neskôr politickou stranou Verejnosťou proti násiliu. V obci sa 21. januára 1990 uskutočnila zakladajúca schôdza VPN. Jedným z vedúcich predstaviteľov tunajšej VPN sa stal Jozef Ivanič, učiteľ na tunajšej základnej škole. Formovali sa však aj iné politické strany, ktoré sa pripravovali na nadchádzajúce parlamentné a komunálne voľby.

V roku 1991 sa na verejnom zhromaždení prejednávala žiadosť Bukózy Vranov o zriadenie skládky tuhého odpadu pre tento podnik v lokalite Ľaš, vzdialenej necelý kilometer od Merníka. Väčšina obyvateľov sa však vyjadrila proti skládke. Myšlienka výstavby ožila znovu po krátkom čase. Miesto pre jej zriadenie sa našlo v lokalite Pašekova debra. Jej samotná výstavba bola realizovaná v rokoch 1993 – 1996. Patrila k najväčším investičným akciám obce v 90. rokoch 20. st. Peniaze na jej realizáciu združila obec Merník, mesto Vranov nad Topľou a Štátny fond životného prostredia. Začiatkom 90. rokov sa v obci začali objavovať prvé náznaky súkromného podnikania, predovšetkým v obchodnej činnosti. V 90. rokoch neustala v obci ani stavebná činnosť. Medzi uskutočnené akcie patrila výstavba cesty na cintorín, rekonštrukcia elektrickej siete na dolnom konci obce – vybudovanie transformátora, príprava projektov na plynofikáciu obce, ukončenie asfaltovej otočky pre automobily na dolnom konci obce, úprava miestnych komunikácií v smere na Kamenec, zlikvidovala sa čierna živelná skládka odpadu povyše obce. Koncom prvej polovice 90. rokov sa obnovila činnosť obecnej urbárskej spoločnosti, ktorá prevzala do svojich rúk lesy skutočných vlastníkov. V tom istom roku obecné zastupiteľstvo odsúhlasilo zriadenie krajčírskej dielne pre firmu Krupa – Hric v priestoroch kultúrneho domu a v časti obce bola posilnená elektrická sieť. V roku 1995 sa začalo s výstavbou privádzača plynu z obce Soľ. V máji 1995 bola obec prijatá do Združenia miest a obcí Vranovského okresu. K roku 1999 sa viažu počiatočné práce na rekonštrukciu náhrobníka rodiny Suľovských, obetí sedliackeho povstania z roku 1831, pochovaných na tunajšom cintoríne a zapísaného v zozname kultúrnych pamiatok Slovenska. Medzi hlavné priority činnosti obce v roku 2000 bola zaradená výstavba Domu smútku v lokalite pri cintoríne. Prvé výkopové práce na výstavbe sa začali 10. septembra. Nakoľko finančných prostriedkov nebolo nazvyš, obecné zastupiteľstvo sa rozhodlo, že jej výstavba bude realizovaná svojpomocne. Nasledujúci rok úsilie obce smerovalo k dokončeniu Domu smútku a vybudovaniu prístupovej cesty a parkoviska. Dom smútku bol odovzdaný do užívania v novembri 2001, kedy prebehla úspešná kolaudácia stavby. K danému roku sa viaže aj začiatok novej kultúrnej tradície v obci, spojenej s prvou augustovou nedeľou pod názvom Mernícka veselica. K riešeným prioritným problémom obce na rok 2001 patrila výstavba obecného vodovodu a začiatok plynofikácie základnej a materskej školy. V roku 2002 sa pokračovalo vo výstavbe vodovodu. V tomto roku sa v obci začalo s prípravou projektových prác pre realizáciu stavby kanalizácie v rámci zlepšenia životného prostredia v obci. Vedenie obce pamätalo aj na miestnu športuchtivú mládež. V priestoroch bývalej kotolne MŠ bola zriadená posilňovňa. V septembri 2003 sa podarilo vystavať a vytvoriť priestory pre obecnú tržnicu. O mesiac neskôr sa začala výstavba tenisového kurtu. V letných mesiacoch daného roka bol vybudovaný vykrývač, čím bol pre obec zabezpečený signál na využívanie mobilnej telefónnej siete. V roku 2004 sa pokračovalo v prácach na obecnom vodovode, taktiež sa pokračovalo v rekonštrukcii šatní na futbalovom štadióne. Pristúpilo sa aj k postupnej rekonštrukcii budovy obecného úradu, kde boli v decembri vymenené okná a dvere za plastové.

V roku 1363 si šľachtici z Rozhanoviec rozdelili majetky panstva Čičva, ku ktorému patril aj Merník. Z obsahu listiny o deľbe vyplýva, že obec jestvovala už pred rokom 1363. Merník bol v 13. – 15. storočí nepretržite majetkovou súčasťou hradného panstva Čičva, patriaceho šľachticom z Rozhanoviec. Od roku 1524 patrilo panstvo šľachticom Bátoryovcom. Začiatkom druhej polovice 15. st. tu hospodárilo asi 6 sedliackych domácnosti, z ktorých sa polovica odsťahovala. Začiatkom 16. st. sa tu usídlilo nové obyvateľstvo so šoltýsom. V r. 1550 tu hospodárilo okrem šoltýsa 11 sedliackych domácností. Na parcele zvanej Stary cintír boli nájdené vykopávky, podľa ktorých historici usudzujú, že v 15. - 16. st. tam existoval murovaný kostol so štvorcovou apsidou a na jeho mieste vystavali približne v r. 1666 nový evanjelický drevený kostol.

Na konci úzkeho údolia zvanom „Potkanova debra“, ústiaceho do údolia potoka Čičavky sa nachádzalo ložisko ortuťovej rudy – rumelky. Prvé ťažobné práce začala grófka M. Forgáchová v r. 1830. Ťažilo sa s prestávkami do r. 1937. V r. 1940 bola baňa Mária zatopená, a tým baníctvo v tejto oblasti zaniklo. Väčšina miestneho sa venovala poľnohospodárstvu. V r. 1831 dosiahli sedliaci na Zemplíne nízke úrody, pridružila sa k nim cholerová epidémia a vznikla vzbura. Dňa 6.8.1831 sa rebeli zo Zámutova, Žipova a Jastrabia spojili so sedliakmi z Merníka. Buriči prekvapili v noci obyvateľov Merníckeho kaštieľa a usmrtili 8 ľudí, medzi nimi aj evanjelického farára. Štatariálny súd vo Vranove súdil buričov tzv. Horúcim prawon Wranovskym. V Merníku bolo popravených 14 rebelov. Pamiatkou na túto udalosť je náhrobník Sulyovských.

V roku 1844 sa v obci nachádzala šľachtická kúria, kováčska dielňa postavená z kameňa, ovčiareň, krčma so slamenou strechou postavená z kameňa a z hliny. Na hornom konci obce sa nachádzal na potoku Čičavka dvojkolesový kamenný vodný mlyn so šindľovou strechou. Tento mlyn sa spomínal aj v roku 1863. Medzi pamiatky možno zaradiť aj evanjelický kostol z r. 1784, náhrobník Sulyovských z roľníckeho povstania a štôlňu „Mária“ ako banskú pamiatku.

Pomenovanie obce Merník má slovenský pôvod. Jeho názov by mohol mať koreň v slove merať, ale aj motív prečo dostala obec takýto názov zostáva zatiaľ nejasný. Prvá písomná zmienka o obci je spojená s rokom 1363. V rozdeľovacej listine panstva Čičava zo roku 1363, písanej v latinskom jazyku, sa obec uvádza pod názvom Mernifalua. V nasledujúcom období sa pomenovanie obce objavilo v tvare Mernik, a to v rokoch 1372 aj 1904. Ďalšou modifikáciou názvu bol termín Mernyk, zaznamenaný v listinách z rokov 1408, 1410, 1492, 1499, 1519. V 19. a začiatkom 20. storočia sa v dôsledku maďarského pomenovania obce objavil názov v tvare Mernyik a Merészpatak. V slovenskom preklade Merészpatak znemená „Smelý potok“, pričom slovo merész prekladáme aj vo význame odvážny, opovážlivý. Maďarské pomenovanie obce získala pravdepodobne podľa tunajšieho potoka. V katastri obce Merník existovala v stredoveku obec či osada Loňa alebo v písomnom prejave uvádzaná aj v tvare Lonya, spomínaná v listinách v roku 1347 a neskôr aj v roku 1526. Potom pravdepodobne zanikla.